Çalışmamıza ağırlıkları 150-200 gr olan 60 adet wistar türü
dişi rat alındı. Ratlar ısı kontrollü odada (22-25 ºC), 12 saat
aydınlatma ve 12 saat karanlıkta tutuldular. Her gün su ve
Elazığ yem fabrikasından temin edilen özel rat yemi verildi ve
kafesleri temizlendi. Ratlar, biri çalışma (diyabetik yapılacak
grup) diğeri kontrol grubu (diyabetik yapılmayacak grup)
olacak şekilde otuzarlı iki gruba ayrıldı.
Çalışma grubu olarak ayrılan toplam 30 ratta,
intraperitoneal olarak 50 mg/kg streptozosin (STZ) (Sigma
Chemical Company, St Louis, MO, USA) 0.1 M sitrat tampon
solüsyonu çözünmüş halde (pH=4.5) verilerek diyabet mellitus
oluşturuldu. Çalışma grubundaki ratlar STZ uygulandıktan 3
gün sonra 8 saat aç bırakıldı. Kuyruk veninden alınan kandan,
Medisense Optimum (Abbott Laboratories, USA) glukometri
cihazı ile glukoz düzeyine bakıldı. Kan glukoz konsantrasyonu
250 mg/dl'nin üzerinde olanlarda diyabet oluştuğu kabul edildi.
Kan glukoz konsantrasyonu 250 mg/dl'nin altında olanlarda ise
diyabet oluşmadığı kabul edilerek, diyabet oluşmayan iki rat
çalışma dışı bırakıldı. Kontrol grubundaki tüm ratların 8 saatlik
açlık sonrası alınan kan örneklerinde glukoz seviyesi normal
sınırlarda saptandı.
Çalışma ve kontrol grubundaki toplam 58 rat,
intramüsküler uygulanan 30 mg/kg ketamin ile anestetize
edildikten sonra karın ciltleri traş edildi ve iyot ile temizlendi.
Tüm hayvanlarda bakteriyel translokasyonu tespit edebilmek
amacıyla; E. Coli lipopolisakkarit'i (LPS) (Sigma) 5 mg/kg
intraperitoneal olarak uygulanarak sepsis modeli
oluşturuldu.Yaklaşık iki saat sonra tüm ratların kan glukoz
düzeyleri ölçüldü ve bu işlem üçer saat süreyle toplam 4 kez
tekrarlandı. Kontrol grubunda kan glukoz düzeyi 110 mg/dl;
çalışma grubunda ise 215 mg/dl değerlerini aştığı
saptandığında bu ratlara kan glukoz düzeyleri kontrol grubunda
80-110, çalışma grubunda 180-215 aralığına olacak şekilde
NPH insülin tedavisi uygulandı. Bu esnada çalışma grubundan
4 ve kontrol grubundan 1 rat hayatını kaybetti.
Sepsis gelişimi sonrası ölen ratların karaciğer ve dalakları
çıkarılarak; bu dokulardaki enjekte edilen E. Coli suşuna bağlı
bakteriyel translokasyon hem kültür ve hem de PCR yöntemi
ile araştırıldı.
Karaciğer ve dalak örnekleri steril bir bistüri ile iki eşit
parçaya bölündü. İlk parça kanlı agar ve Eosine-Methylene
Blue agar besiyerlerine ekilerek 36 ºC derecede 18-24 saatlik
aerob kültüre alındı. Bu süre sonunda üreyen Gram negatif
çomak morfolojisindeki bakteriler, klasik bakteriyolojik
yöntemler ve API ID 32E (Bio Mérieux) kitleri ile tanımlandı.
Karaciğer ve dalak dokularının ikinci parçası çalışma süresine
kadar –40 ºC'de steril SF solüsyonu içinde saklandı.
DNA Ekstraksiyonu ve PCR: Örneklerden DNA
ekstraksiyonu ticari bir kit ile (Wizard Genomic DNA Purification kiti, Promega) gerçekleştirildi. Elde edilen
DNA'lar 50 ml. steril distile su ile sulandırıldı. Bu örnekler,
PCR'da kullanılıncaya kadar –80 ºC'de saklandı 4.
Elde edilen DNA'lar ile sadece E. Coli'nin β-
galaktosidaz (Lac Z geni) gen bölgesine spesifik olan ve diğer
gram negatif bakteriler için spesifik olmayan , BG-1 ve BG-4
primerleri kullanılarak PCR gerçekleştirildi 5,6. PCR
aşamasında her örnek için; 10X PCR buffer, 25mM MgCl2, her
birinden 100 mM olan dNTP'ler, 20 pmol/µl BG-1 (5'- CTT
TGC CTG GTT TCC GGC ACC AGA A - 3'), 20 pmol/µl
BG-4 (5'- ACC CAC CGC ACG ATA GAG ATT CGG G -
3'), 23.5 µl dH2O ve 0.5 µl 1U'lik Taq DNA polimeraz
(Promega/ABD) enzimi içeren karışım hazırlandı.
Mikrosantrifüj tüplerine 40 µl PCR karışımı ve 10 µl örnek
DNA'sı bırakıldı. Daha sonra örnekler, 1 döngü 94 ºC'de 2 dk.
ön ısıtmayı takiben, 94 ºC'de 1 dak. denatürasyon, 56 ºC'de 1
dk. birleşme ile 72 ºC'de 1 dk. uzatma basamaklarından oluşan
toplam 35 döngü ve 1 döngü de son uzatma 72 ºC'de 10 dk.
olacak şekilde PCR cihazında çoğaltıldı. 4,5,6.
Elde edilen PCR ürünleri 0.5 mg/ml. etidyum bromid
içeren % 2'lik agaroz jelde elektroforez edildi. Elektroforez
sonrası, PCR ürünleri görüntüleme sisteminde ultraviyole
ışınları ile incelendi ve yaklaşık olarak 760 baz çifti (bç)
büyüklüğündeki bantlar pozitif olarak değerlendirildi (Şekil-1).
Büyütmek İçin Tıklayın |
Şekil 1: PCR ürünlerinin %2'lik agaroz jel göç motifleri. M;
100 bp'lik DNA ladder ağırlık markeri (Bio Basic Inc., Canada),
hat 1; pozitif kontrole ait 760 bp'lik bant (standart E. Coli
kültüründen elde edilen DNA), hat 2; DNA ektraksiyonu için
negatif kontrol (steril dH2O), hat 3,4,6; rat dokularından yapılan
PCR sonucu 760 bp'lik bant yönünden pozitif bulunan örnekler
ve hat 5; rat dokularından yapılan PCR sonucu 760 bp'lik bant
yönünden negatif bulunan örnek. |
Bu çalışmada pozitif kontrol olarak, geleneksel
yöntemler ile kültürde E. Coli olduğu belirlenen bakteriden
elde edilen DNA ve negatif kontrol olarak ise steril dH2O
kullanıldı. PCR'ın duyarlılığı, pozitif kontrol olarak kullanılan
E.Coli DNA'sının 10 katlık dilüsyonlarından hazırlanan
örneklerin PCR'ının yapılmasıyla belirlendi. Yanlış pozitiflik
ve negatifliği önlemek için, deneyin her aşamasında pozitif ve
negatif kontroller kesinlikle kullanılarak, steril kabinlerde
çalışıldı.
İstatiksel analiz; sağ kalımı göstermek için Cox-
Regresyonu kullanıldı. Bakteriyel translokasyonu göstermek
için Chi-square testi kullanıldı.